Pustynne Więzienie (Desert Prison) to jedna z najbardziej znienawidzonych lokacji w grze, zarówno z powodu nieprzyjemnych zdarzeń, które się tu dzieją, jak i monotonii objawiającej się w konieczności ciągłego biegania po identycznych piętrach. Miejsce to znajduje się na Pustyni Dingo, pomiędzy wioską Winhill a Bazą Rakietową.
Więzienie to należy do władz Galbadii i przetrzymuje się tu przede wszystkim więźniów politycznych. Konstrukcja jest dość skomplikowana; dzięki śrubowej budowie budynek ten potrafi samoczynnie zakopywać się w piasku. Także w środku stoi na bardzo wysokim poziomie technicznym - mechanizmy przenoszące poszczególne cele robią wrażenie. Poza tym jednak budowa więzienia jest bardzo prosta i nudna - każde piętro to duże koło, które trzeba obiec, żeby dostać się do schodów. Na każdym piętrze są dwie cele, z których niektóre są zamknięte, a inne otwarte. W kilku otwartych można znaleźć pudełka, a w nich zawsze coś ciekawego (dokładna tabelka poniżej). W więzieniu jest też trzech więźniów, z którymi można pograć w karty. Każdy z nich liczy sobie określoną kwotę za partyjkę (200, 300 lub 500 Gil), warto jednak z nimi grać, bo w razie wygranej dają bardzo przydatne przedmioty. Na ósmym piętrze jest także sprzedawca przedmiotów, który wygląda dość znajomo...
Piętra 1-12 wyglądają identycznie. Na trzynastym jest sala tortur, gdzie więźniowie poddawani są elektrowstrząsom. Z więzienia da się uciec jedynie górą. Squall ze swoją drużyną dostanie się na czternaste piętro, a następnie ucieknie mostem zawieszonym nad przepaścią.
Punkty czerpania: Berserk, Thundaga (ukryty)
Punkty zapisu: cela na pierwszym piętrze (ukryty), korytarz na szóstym piętrze, cela na dziesiątym piętrze
Dokładna tabelka:
Znaczenie w grze: Drużyna Squalla trafi do więzienia po ataku na Edeę (początek drugiej płyty). Spędzą tu trochę czasu i będą musieli trochę pobiegać. Squall dodatkowo będzie torturowany przez Seifera. Później uda im się wreszcie stamtąd uciec i od tego czasu więzienie nie będzie już dostępne. Bogu dzięki, bo tutaj naprawdę nie ma nic ciekawego.