Głębinowe Centrum Badawcze (Deep Sea Research Center) to najbardziej tajemnicza lokacja w grze. Dostać się do niej można tylko Ragnarokiem. Nie jest ona zaznaczona na mapie, ponieważ leży bezpośrednio na wodzie. Można ją znaleźć w lewym dolnym rogu mapy, jest ona jednak tak mała, że łatwo ją przeoczyć.
Miejsce to jest pozostałością po badaniach, które prowadziło Esthar. Jest to długi tunel w głąb oceanu, w którym kryją się potwory. Przejścia na poszczególne poziomy można otworzyć za pomocą pary.
W dolnej części Centrum znajdują się długie schody, które prowadzą w dół. Na poszczególnych półpiętrach odbywać się będą walki z potworami (pokroju Behemota i Rubismoka [Ruby Dragon]). Jeżeli w drużynie będzie Zell, otworzy on ręcznie wejście do tego poziomu i tych walk nie będzie się dało uniknąć nawet z umiejętnością Enc-None.
Punkty czerpania: Dispel, Esuna, Triple (jednorazowy)
Punkt zapisu: przy pierwszym zejściu (po powrocie z Ragnaroka), pierwsze półpiętro, najniższy poziom (ukryty)
Znaczenie w grze: To miejsce bardzo łatwo ominąć, jednakże jest ono bardzo ważne. To tutaj można zdobyć dwa najpotężniejsze GFy w grze. Nic dziwnego, że prowadzi do nich tak trudna i uciążliwa droga. Pierwszym GFem jest Bahamut, a drugim Eden. Z Bahamutem będziesz walczył sam, natomiast Eden czeka na ciebie na samym dole, musisz go wyciągnąć od Bestyjona Ultima (Ultima Weapon).
Po wykonaniu tego zadania nie znajdziesz tu już nic ciekawego.