Lunarna Pandora (Lunatic Pandora) to dziwna, ogromna budowla, która potrafi unosić się nad ziemią. W jej środku znajduje się Kryształowy Filar, który potrafi wywoływać Księżycowy Płacz. Wnętrze Pandory to przede wszystkim kręte korytarze zbudowane z przejrzystej, błękitnej substancji. Znajdują się tam potwory.
Budowla ta została w czasach Laguny przejęta przez ruch oporu Esthar i zatopiona głęboko w oceanie. Jednakże lata później Seifer z rozkazu Artemizji odnalazł ją i doprowadził do umieszczenia w niej czarownicy Adel.
Punkty czerpania: Sleep, Confuse, Cura, Holy, Thundaga, Meteor (ukryty, jednorazowy)
Punkty zapisu: przy rozwidleniu korytarza, przed walką z Mobile Type 8
Znaczenie w grze: W fabule będą dwie obowiązkowe wizyty w Lunarnej Pandorze i jedna dobrowolna. Pierwszy raz spotkasz się z nią w drugim śnie o Lagunie. Tam nie będzie się działo właściwie nic specjalnego, będziesz po prostu musiał trochę pobiegać i powalczyć z żołnierzami Esthar. Warto tylko wspomnieć, że przy pierwszym pobycie dobrze jest powysadzać wszystkie możliwe bomby i pootwierać zapadnie, bowiem to odblokuje dojście do kilku przydatnych miejsc, kiedy odwiedzisz Pandorę później.
Drugi raz będziesz mógł wejść do Pandory, kiedy będziesz kierował Zellem w Esthar (dysk 3). Nie jest to obowiązkowa misja, ale warto ją wykonać, ponieważ w środku czeka kilka dobrych czarów oraz przydatnych przedmiotów.
Po raz ostatni znajdziesz się w Pandorze pod koniec trzeciej płyty, gdzie będziesz walczyć z Fujin i Raijinem oraz Mobile Type 8, a następnie z Seiferem. Czwartą płytę otwiera walka z Adel, która czeka na górnym piętrze. Po tej walce nastąpi kompresja czasu i więcej już Pandory nie zobaczysz.